La muerte de Kenyatta fue llorada por sus seguidores y lamentada por el pueblo, pero muchos anticipaban y deseaban en secreto una época de cambios. La transición siguió el camino esperado y el encargado de dirigir los destinos de la República fue el hasta entonces vicepresidente, Daniel Arap Moi. El ascenso al poder de Moi estuvo patrocinado por dos hombres fuertes del régimen, Mwai Kibaki y Charles Njonjo, pero no fue bien acogido por todos. Tratándose de un Tugen, no contaba con la simpatía de la Gikuyu, Embu and Meru Association (GEMA), aunque los estamentos Kikuyu dominantes lo veían como un fiel aliado y una pieza clave para acallar las acusaciones de nepotismo tribal.

Daniel Toroitich Arap Moi nació en 1924 en Sacho. Pertenece a la etnia Tugen, del oeste del país, de lengua Kalenjin. Fue pastor nómada en su infancia hasta que recibió formación escolar y se convirtió en maestro de escuela. En 1960 participó en la fundación del KADU, cuya presidencia desempeñó posteriormente. Durante los años anteriores a la independencia fue ministro de educación (1961-1962). Ya en tiempos de la República, asumió la Cartera de administración local (1964-1967). Ocupó la vicepresidencia del KANU y tras la dimisión de Odinga fue nombrado vicepresidente de la República.

El nuevo presidente no pretendía apartarse radicalmente del rumbo emprendido por el 'Mzee'. De hecho, su filosofía política se basaba en 'Nyayo', "huellas", haciendo referencia a "sigamos sus pasos", un discurso que se resumía en "paz, amor y unidad". Sin embargo, estaba aparentemente decidido a ventilar los armarios de la vieja guardia de Kenyatta, a eliminar el paternalismo estatal de días pasados y a transfundir sangre nueva al gobierno, así como a eliminar el tribalismo en favor de la unidad. Estas buenas intenciones le concedieron en un principio la simpatía internacional y la cauta confianza de los kenyatas.

Los primeros movimientos de Moi fueron populistas, destinados a buscar golpes de efecto que despertaran el entusiasmo del pueblo. Actuó contra la corrupción en los servicios públicos, el ámbito más sensible para los ciudadanos; liberó a todos los presos políticos de Kenyatta y disminuyó ligeramente la presión y el control sobre los medios de comunicación.

Pronto se reveló que los hechos no correspondían a las promesas. Las elecciones generales, pospuestas desde 1977, se celebraron por fin en 1979, pero las candidaturas de Odinga y otros ex-integrantes del KPU no fueron aceptadas. El aniversario del asesinato de Kariuki fue el motivo para una revuelta estudiantil, que convirtió el cierre de la Universidad en una tradición anual.

El antiguo líder del KPU no cejó en su actividad política, pero la presión del régimen aumentaba y en 1982 Njonjo consiguió sacar adelante una reforma constitucional para instaurar oficialmente el monopartidismo, ilegalizando el nuevo partido de Odinga, la 'Kenya Socialist Alliance'.

Tres meses después sucedió lo inevitable: el 1 de agosto de 1982 se producía un golpe de estado militar. Los kenyatas despertaron ese día escuchando en la radio un comunicado de los golpistas, intercalado con música de Bob Marley, mientras en Nairobi se oían disparos esporádicos. La confusión reinaba en los primeros momentos después del golpe: la emisora de radio había sido tomada por un desconocido 'People's Redemption Council' y la mayor parte del ejército se encontraba realizando maniobras al norte del país. Parecía claro que los rebeldes, pertenecientes a la Fuerza Aérea Kenyata, habían aprovechado la ausencia del grueso de las fuerzas para tomar el control. Al terminar el día del golpe, el país estaba sumido en un estado de completa anarquía. En Nairobi se extendió el pillaje y estallaron los viejos resentimientos, principalmente contra la minoría asiática, cuyas viviendas fueron saqueadas y sus mujeres violadas.

Una vez comprobado que la Fuerza Aérea no contaba con el apoyo de otros cuerpos armados, el ejército y la GSU dieron rienda suelta a una campaña de terror en las calles. Los militares patrullaban la ciudad a la búsqueda de los rebeldes, pero por el camino y sin discriminación disparaban a los hombres, violaban y mataban a las mujeres y asesinaban a decenas de estudiantes. Concluida la revuelta, los datos oficiales arrojaban un saldo de 159 muertos, pero testigos presenciales afirmaron que el número de cadáveres en una sola calle superaba esta cifra.

La violencia cesó, miles de soldados de la Fuerza Aérea fueron arrestados y el propio cuerpo fue disuelto. El gobierno clausuró la Universidad, una "cantera de subversivos". Catorce golpistas fueron condenados a muerte, pero finalmente sólo se ejecutó a dos de ellos, que habían escapado a Tanzania en busca de asilo y fueron devueltos al país. Como consecuencia de la implicación de los Luo en el golpe, Odinga fue sometido a arresto domiciliario.

Desde entonces se han venido produciendo otros escarceos de menor importancia, pero las consecuencias de aquel levantamiento militar se dejaron notar en la economía del país. La inversión extranjera se paralizó y el turismo huyó a destinos más tranquilos. Sin embargo, otro acontecimiento político al año siguiente iba a relegar rápidamente los últimos rescoldos del intento golpista al fondo de las hemerotecas.

En mayo de 1983, Moi anunció al Parlamento que tenía pruebas de una trama de conspiración, auspiciada por un presunto 'lobby' extranjero, que preparaba el ascenso al poder de uno de los dirigentes cercanos a la presidencia. Aunque Moi no mencionó ningún nombre, inmediatamente saltó a la luz el del fiscal general Charles Njonjo. Se trataba de un político experimentado y un importante miembro de la élite Kikuyu dominante, siempre a la sombra de Kenyatta, con un poderoso círculo de influencias fuera del país. Su nombre se ligaba con frecuencia a intereses sudafricanos e israelíes. Njonjo parecía mantener una enconada rivalidad sobre la cuestión de la sucesión con Mwai Kibaki, el respetado vicepresidente, lo que a la larga le perjudicó. Durante el proceso judicial que se abrió contra Njonjo, se le acusó de malversar fondos del KANU y de estar detrás de dos intentos de golpe de estado, el del año anterior en Kenya y otro en las Islas Seychelles.

El caso se cerró con la expulsión del KANU de los próximos a Njonjo. El fiscal general fue condenado a reembolsar los fondos sustraídos, pero el propio presidente Moi le indultaría el día de la independencia de 1984, asumiendo que la vida política del conspirador había terminado. Sin embargo, Njonjo regresaría al gobierno posteriormente.

El gobierno de Moi salió fortalecido del caso Njonjo, ganando las elecciones de septiembre de 1983. Moi tomó la decisión de liberar a Odinga y otros presos políticos y la administración provincial fue progresivamente destribalizada, situando a los cargos públicos lejos de sus regiones de origen.

Un objetivo urgente para Moi era "limpiar" la Universidad de la "cantera de subversivos". Se revisó el sistema educativo para impulsar las carreras técnicas y vocacionales y se lanzó un programa cuasimilitar, el 'National Youth Service', que comprometía a los estudiantes a trabajar en obras públicas por todo el país. Los jóvenes cachorros del KANU se organizaron en grupos de vigilancia para atacar y denunciar a los sospechosos de crímenes o de incitar a la desunión. Sin embargo, las revueltas estudiantiles no cesaron. En febrero de 1985, una protesta motivada por la calidad de la comida en el comedor universitario fue considerada subversiva y disuelta violentamente por el GSU, causando la muerte a 12 estudiantes.

En el ámbito internacional, durante este periodo creció la presencia comunista alrededor del Índico. En 1979, el Ayatollah Khomeini inauguraba un estado islámico en Irán tras la huida del Shah Reza Pahlavi, y el mismo año la Unión Soviética invadió Afghanistán. En respuesta al auge del comunismo, Kenya estrechó sus lazos con Occidente y concedió instalaciones a los buques de guerra norteamericanos a cambio de grano, lo que compensaba en parte la fallida cosecha de 1983.

Peor fue la cosecha de 1984, el año de la gran sequía que asoló Kenya y otros países africanos, abriendo una gran brecha en el motor de la economía kenyata. Para compensar la precariedad del producto nacional, Kenya importó un millón de toneladas de grano.

En 1987, Amnistía Internacional denunció las graves violaciones de los derechos humanos que se producían en Kenya con regularidad. Muchos detenidos morían en cautividad y la tortura era práctica habitual. Los prisioneros a menudo eran encerrados en celdas inundadas de agua bajo la 'Nyayo House', en Nairobi. La relevancia que adquirió este tema en la opinión internacional ocasionó un deterioro de la imagen del país en el exterior, así como el enrarecimiento de las relaciones de Kenya con su principal aliado, los Estados Unidos. A ello contribuyeron las francas y abiertas declaraciones sobre la situación de los derechos humanos en Kenya por parte del embajador norteamericano, Smith Hempstone.

A finales de los 80 surgió uno más de los muchos grupos de oposición, el 'Mwakenya' ('Union of Nationalists to Liberate Kenya'). Sus fundadores, que no se identificaban, lanzaron una andanada de panfletos exigiendo la destitución de Moi, la instauración de una democracia real, el fin de la corrupción y la desvinculación de Occidente. La contracampaña de Moi consistió en detener a cientos de personas y a sus abogados. Algunos de los detenidos murieron durante el arresto.

Moi fue confirmado en el cargo tras las elecciones de 1987, a las que se presentó como el único candidato del único partido. Ese año se introdujeron nuevas enmiendas a la Constitución que ampliaban los poderes del presidente. Entre otras medidas, se suprimía la independencia del poder judicial, quedando el nombramiento y la destitución de jueces exclusivamente en las manos del máximo dirigente de la República. Otras reformas del sistema electoral cambiaban el voto secreto por el "recuento de filas": cada votante hacía cola en la fila correspondiente a su candidato, lo que eliminaba por completo la privacidad del voto. Como resultado, tras estos comicios varios políticos librepensadores como Charles Rubia y Kenneth Matiba perdieron sus escaños, aumentando el monolitismo y la hegemonía del KANU.

Una táctica habitual de Moi es someter a los ministros a un continuo baile de carteras, lo que tiene por misión impedirles una eventual acumulación de poder. Esta práctica, que reduce ostensiblemente la eficacia del trabajo ministerial, es justificada por el presidente con una supuesta intención de garantizar un equilibrio étnico en el Ejecutivo. De hecho el gabinete nunca se reunía en pleno, sino que los contactos entre los ministros y de éstos con el presidente se realizaban a través de un 'lobby' Kalenjin introducido por Moi en la cúpula del funcionariado.

Con el aumento de la virulencia en la política represora de Moi, sólo la Iglesia se atrevía a cuestionar el régimen. Cristiano practicante, Moi siempre ha evitado cualquier enfrentamiento con las instituciones eclesiásticas.

En 1989, el afamado paleoantropólogo y conservacionista kenyata de origen inglés Richard Leakey era contratado por Moi para dirigir el 'Kenya Wildlife Service', servicio del gobierno encargado de la gestión de la naturaleza y los parques. Leakey es una de las figuras más relevantes de la Kenya actual. Hijo de los eminentes Louis y Mary Leakey, descubridores de los restos del Hombre de Olduvai en Tanzania, Richard destacó por sus propios hallazgos en la zona de Koobi Fora junto al Lago Turkana. Posteriormente desempeñó la dirección de los Museos Nacionales de Kenya. Debido al aumento de la presión internacional contra la caza furtiva de elefantes y al impacto de esta práctica ilegal sobre el turismo, Moi necesitaba una persona enérgica que revitalizara el dormido y desmoralizado KWS, para lo cual Leakey era un candidato óptimo. El científico es un hombre decidido, vital y exigente, poco dado a la diplomacia pero un trabajador incansable. La primera medida fue de gran impacto: Leakey convenció a Moi para incinerar públicamente las reservas de marfil confiscadas a los furtivos, una auténtica montaña de colmillos con un valor de 3 millones de dólares USA. El evento fue registrado por la prensa internacional y supuso un espaldarazo para el gobierno de Moi. La iniciativa de Kenya consiguió suscitar una discusión que terminó con la paralización de las importaciones de marfil por parte de varios países, incluyendo Estados Unidos, Gran bretaña, Hong Kong y Japón.

Con el apoyo del presidente, Leakey creó un cuerpo armado anti-furtivos, al que dio una sencilla orden: disparar. Leakey inyectó nueva vida y nuevos fondos al KWS, subiendo las tarifas de entrada a los parques para financiar la lucha contra el furtivismo. El Banco Mundial y otras instituciones internacionales quedaron tan impresionados por su gestión que le concedieron ayudas por valor de 140 millones de dólares USA. Su labor contribuyó a salvar de la extinción a los elefantes y rinocerontes de Kenya, al tiempo que lavaba la imagen del país en el exterior.