La invasión de sus tierras, las duras condiciones de trabajo, las injustas leyes de los colonos, su sistema social discriminatorio y sus abusivos impuestos alimentaron entre los nativos un lógico resentimiento hacia los europeos e hicieron crecer la semilla del nacionalismo africano. Los Maasai y los Kikuyu eran los más afectados, por ser las tribus que tradicionalmente ocupaban los territorios en los que se asentó Nairobi. Los Maasai prefirieron no mezclar su destino con el de los extranjeros y aceptaron retirarse de la escena, pero los Kikuyu permanecieron junto a sus antiguas tierras usurpadas y fueron explotados como fuente básica de mano de obra.

Por otra parte, algunos europeos, concienciados con el futuro de los nativos y con el expolio a que estaban siendo sometidos, comenzaban a alzar su voz para expresar su desacuerdo con el rumbo de la política colonial. Ya en la segunda década del siglo, el empeño de Karen Blixen por escolarizar a los niños kikuyus no fue bien recibido por los más recalcitrantes. Winston Churchill, conservador y colonialista convencido, escribió después de una visita oficial a Kenya en 1907, cuando era secretario de Estado para las Colonias, que no creía en el mito del "país del hombre blanco", y que la educación y la comprensión debían primar en el aumento del nivel social de las tribus nativas. La visión oficial del gobierno inglés, expresada en la Declaración de Devonshire de 1923, aceptaba la necesidad del desarrollo de los intereses africanos. Incluso Meinertzhagen, autor de las matanzas de los Kikuyu, dio un giro radical al convertirse, con el paso de los años y quizá con el peso de la culpa, en un fervoroso defensor del nacionalismo africano. Sin embargo otros, como Delamere, continuaron hasta el fin de sus días creyendo en una Kenya blanca.

También nació en aquellos días una conciencia de conservación de la naturaleza, que hasta entonces sólo se había manifestado de forma aislada en figuras especialmente sensibles como Livingstone. Frente a las masacres de la fauna realizadas sin contemplaciones por muchos colonos y visitantes de la época, incluidos Theodore Roosevelt y Ernest Hemingway, algunos cazadores profesionales como Denys Finch-Hatton, Phil Percival o Frederik Selous, llegaron a plantearse el impacto de su actividad sobre la vida salvaje de Africa, intuyeron que los animales no durarían siempre e incluso llegaron a ser muy selectivos en sus disparos, denunciando las actitudes de los carniceros cuya única meta era producir la mayor esquilmación de la fauna salvaje durante sus cacerías. La Asociación de Cazadores, fundada en 1920, impuso normas restrictivas a la caza que causaron las protestas de aquellos que seguían creyendo en el cazadero libre e inagotable. Meinertzhagen escribió acerca del sinsentido que suponía que criaturas poco más inteligentes que el elefante asesinaran a estos magníficos animales para jugar al billar con bolas fabricadas con sus colmillos. Más tarde, en 1946, la conciencia de conservación se traduciría en la creación del parque nacional de Nairobi, al que seguiría dos años depués el de Tsavo.

La discriminación de los nativos, incluso frente a otras razas distintas de la blanca, se hacía patente en todos los aspectos de la vida de la colonia. En 1927 se dio entrada a los representantes electos de los árabes y asiáticos en el Consejo Legislativo de la Colonia. Por el contrario, los intereses africanos estaban representados por un colono blanco nombrado al efecto. En los locales públicos había servicios para caballeros europeos, señoras europeas, caballeros asiáticos y señoras asiáticas, pero nunca para los nativos.

El nacionalismo africano empezó a constituirse desde los primeros tiempos de la colonia. Los Kikuyu se refugiaban en los bosques, lejos de los territorios de caza de los blancos, y se organizaban en sociedades desconocidas por la administración colonial. En la década de los 20 nacieron distintas organizaciones políticas, como la Asociación del Este de Africa, la Asociación para la Prosperidad de los Contribuyentes de Kavirondo y la Asociación Kikuyu.

En 1921, uno de los primeros líderes, Harry Thuku, fundó la Asociación de Jóvenes Kikuyu. Un año más tarde, en marzo de 1922, Thuku fue arrestado por la policía colonial. Esta fue la chispa que disparó la primera revuelta a gran escala. El pueblo Kikuyu se rebeló a las puertas de la comisaría donde Thuku se hallaba preso, frente al hotel Norfolk, y tanto la policía como los propios colonos respondieron con violencia. La refriega se resolvió con 21 muertos y Thuku fue deportado a Kismaiyu, donde permaneció hasta 1931.

A finales de la década de los 20 comenzó a surgir una figura decisiva en la historia de Kenya. Su nombre era Johnstone Kamau Wa Ngengi (1892-1978), hijo de campesinos y más conocido como Jomo Kenyatta, llamado 'Mzee', el Venerable. Nació entre 1892 y 1893, probablemente en el poblado de Ichaweri o bien en una localidad cercana a Kiambu, en tierra Kikuyu. Fue bautizado por los ritos Kikuyu y cristiano. Recibió educación europea de los misioneros y a los 29 años se estableció en Nairobi para trabajar como traductor. Su implicación en la lucha por los derechos de los nativos a partir de 1920 le llevó a afiliarse a la Asociación del Este de Africa, para después llegar a desempeñar en 1924 la secretaría general de la Asociación Central Kikuyu. En 1929 fue enviado a Inglaterra para denunciar los abusos de la administración colonial. No fue escuchado e inició una peregrinación por toda Europa, durante la cual se formó en política y se convirtió en el líder indiscutible del nacionalismo kenyata. Desde 1931 hasta su regreso a Kenya en 1946 residió en Inglaterra, donde estudió lingüística y antropología, militó en el partido laborista y trabajó como profesor universitario. En esta época publicó dos libros, 'Facing Mount Kenya' y 'Kenya - land in conflict' (1945).

Mientras, otros acontecimientos políticos iban configurando el país que hoy conocemos. En 1920, la colonia del 'British East Africa' pasó finalmente a llamarse Colonia de Kenya. En 1926, la orilla oeste del Lago Turkana, hasta entonces bajo la administración de Kampala, fue integrada en la Colonia de Kenya, definendo las actuales fronteras del país.

El comienzo de los años 30 supuso la generalización de las protestas por todo el país, así como el crecimiento del activismo político por parte de los nativos. El polvorín estaba a punto de estallar. Se formaron distintas asociaciones de ámbito local, como la Asociación de Taita Hills, la Asociación de los Miembros de Ukamba y la Asociación Central del Norte de Kavirondo.

Con el estallido de la 2ª Guerra Mundial, muchos africanos fueron reclutados para combatir en las filas de las tropas aliadas. Los kenyatas descubrieron entonces la vulnerabilidad de los europeos, que luchaban y morían como ellos. La participación de los africanos en grandes gestas bélicas sirvió para alimentar su maltrecho orgullo como pueblo. Al regresar a casa, fue duro comprobar que las condiciones de vida en sus chozas eran peores que las que habían encontrado en los barracones de campaña.

El 5 de octubre de 1944, un africano fue finalmente admitido en el Consejo Legislativo de la Colonia. Eliud Mathu no fue elegido por sufragio, sino designado por los europeos. Para apoyarle se constituyó la primera organización política a nivel nacional, la 'Kenya African Study Union', más tarde rebautizada como 'Kenya African Union' (KAU).

Con el fin de la contienda, el Reino Unido se convenció de la conveniencia de reconvertir su imperio en una comunidad de países autogobernados, y así nació la Commonwealth. El objetivo era doble: por una parte, conseguir el apoyo de los pequeños países nacientes de Africa, Asia y Sudamérica frente al bloque comunista. Por otra, revitalizar su dominio en unos momentos en que el imperio en Asia y Oriente Próximo comenzaba a resquebrajarse. Al considerarse Africa Oriental una base estratégica y económica, la Alta Comisión del Este Africano inició un proceso de unión federativa, que trataba de homogeneizar moneda, instituciones y aduanas.

Las reformas no llegaban y el ambiente de tensión crecía. Entre 1947 y 1948, 11.000 Kikuyu fueron expulsados de sus tierras. La lucha de los nativos divergía en dos grupos, los que defendían una solución política y los que optaban por la violencia incondicional. Entre los primeros se encontraba Jomo Kenyatta, que regresó al país en 1946 y asumió el liderazgo del KAU en la clandestinidad. Durante los seis años siguientes practicó un incansable activismo político.

La tendencia violenta iba ganando adeptos con cada nueva acción brutal de la policía. Los primeros grupos organizados eran en un principio bandas de delincuentes sin cariz político, que controlaban el tráfico ilegal de alcohol y drogas. Estos grupos, que conocían los métodos del crimen organizado, recibieron la inspiración política de los veteranos Kikuyu, y en 1946 se constituyó en Banana Hill el 'Forty Group', que bajo la dirección de Fred Kubai y Bildad Kaggia comenzó una campaña terrorista de oposición al régimen de la Colonia. Se autodenominaron los 'Freedom Fighters', luchadores por la libertad. Celebraban secretas ceremonias de iniciación, ejecutaban a los que se negaban a unirse a su grupo y cometían asaltos para aprovisionarse de armas. Sus principales agentes secretos fueron las prostitutas de Nairobi y Mombasa, quienes en aquellos días comenzaron a cobrar en munición sus favores sexuales a los blancos. El 'Forty Group' sería, apenas un año después, el germen de la violenta guerrilla del 'Mau-Mau'.